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齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析/Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis[J]
周雅; 高贝; 张道远; ZHOU Ya; GAO Bei; ZHANG Daoyuan; 中国科学院新疆生态与地理研究所,中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,新疆 乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京,100049
2014
发表期刊生物信息学
卷号4页码:233-241
摘要从齿肋赤藓转录组数据库出发,共得到39条注释的早期光诱导蛋白ScELIPs unigene,其中2条( ScELIP1与ScELIP2)具有完整ORF。利用多种生物信息学分析工具,对这2条ScELIPs序列的同源性、理化性质、保守域、信号肽、疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构、三维结构、活性位点等方面进行分析。结果表明:2条ScELIPs 序列的ORF全长分别为711 bp和624 bp,分别编码236和207个氨基酸,二者都具有完整的Chloroa_b-bind功能域,定位于叶绿体类囊体膜,含有3个跨膜α螺旋,第1、3螺旋通过Glu和Arg残基形成双重对称结构,且具有至少4个叶绿素结合活性位点。通过对得到的2条ScELIPs进行氨基酸序列比对及基因树分析,得出ScELIP1与小立碗藓、山墙藓及盐生杜氏藻聚为一支,而ScELIP2与高等植物聚为一支,表现出ELIP从低等到高等植物的进化特征。本研究为ScELIPs基因后续的克隆和功能研究奠定了基础。
关键词早期光诱导蛋白 生物信息学 齿肋赤藓 Early Light-induced Protein Bioinformatics Syntrichia Caninervis
资助者国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。
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语种中文
资助者国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。 ; 国家重点基础研究发展计划(973计划)(No.2014CB954203)资助。
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.xjlas.org/handle/365004/14414
专题研究系统_荒漠环境研究室
通讯作者中国科学院新疆生态与地理研究所,中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,新疆 乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京,100049
推荐引用方式
GB/T 7714
周雅,高贝,张道远,等. 齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析/Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis[J][J]. 生物信息学,2014,4:233-241.
APA 周雅.,高贝.,张道远.,ZHOU Ya.,GAO Bei.,...&中国科学院大学,北京,100049.(2014).齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析/Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis[J].生物信息学,4,233-241.
MLA 周雅,et al."齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析/Bioinformatics analysis of early light-induced protein(ELIPs) in Syntrichia caninervis[J]".生物信息学 4(2014):233-241.
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