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2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析/Bioinformatics relevant analysis of two heat shock protein 70 sequence from Bryum argenteum[J]
王明强; 高贝; 张道远; WANG Mingqiang; GAO Bei; ZHANG Daoyuan; 中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,中国科学院新疆生态与地理研究所,乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京100049
2015
发表期刊生物信息学
卷号1页码:1-8
摘要从银叶真藓(Bryum argenteum)转录组数据库出发,使用Pfam数据库提供的HMM模型共得到33条长度大于200aa,注释的热休克蛋白BaHSP70;其中2条(BaHSP70?1, BaHSP70?2)具有完整ORF,NCBI核酸数据库登录号为KP087877和KP087878。使用生物信息学在线分析工具和软件,对真藓HSP70的两条蛋白质序列从氨基酸组成、保守结构域、理化性质、疏水性/亲水性、信号肽、蛋白质结构、模体的识别及同源性分析等方面进行了预测和分析。结果表明:2条BaHSP70s基因序列ORF全长分别为2396 bp和2356 bp,分别编码649aa和650aa。序列模体分析表明BaHSP70s和其它报道的植物HSP70均含有4个相同的模体,并且各模体在蛋白质序列上顺序一致。通过对2条BaHSP70s进行氨基酸多序列比对及基因树分析,发现BaHSP70?1和BaHSP70?2雪莲相似度最高,分别是91.2%和86.6%。本研究为进一步研究HSP70基因的克隆和功能验证奠定了基础。
关键词真藓 热激蛋白70 Rna-seq 生物信息学 Bryum Argenteum Heat Shock Protein 70 Rna-seq Bioinformatics
资助者NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。
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资助者NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。 ; NSFC-新疆青年人才联合项目( U1403302)。
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.xjlas.org/handle/365004/14484
专题研究系统_荒漠环境研究室
通讯作者中国科学院干旱区生物地理与生物资源重点实验室,中国科学院新疆生态与地理研究所,乌鲁木齐830011; 中国科学院大学,北京100049
推荐引用方式
GB/T 7714
王明强,高贝,张道远,等. 2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析/Bioinformatics relevant analysis of two heat shock protein 70 sequence from Bryum argenteum[J][J]. 生物信息学,2015,1:1-8.
APA 王明强.,高贝.,张道远.,WANG Mingqiang.,GAO Bei.,...&中国科学院大学,北京100049.(2015).2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析/Bioinformatics relevant analysis of two heat shock protein 70 sequence from Bryum argenteum[J].生物信息学,1,1-8.
MLA 王明强,et al."2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析/Bioinformatics relevant analysis of two heat shock protein 70 sequence from Bryum argenteum[J]".生物信息学 1(2015):1-8.
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